Après la perte de Malte, de nombreux Chevaliers trouvèrent refuge et furent accueillis par le Tsar Paul Ier de Russie, Protecteur de l'Ordre. En dépit de toutes les réserves exprimées par le Pape à propos de la nomination d'un Orthodoxe, les Chevaliers réfugiés, en collaboration avec les Chevaliers du Prieuré de Russie, éliront leur Protecteur le Tsar Paul I, comme Grand Maître de l'Ordre.

Le 9 Février 1803, le Pape Pie VII décida de nommer le Bali Giovanni Battista Tommasi de Cortona comme Grand Maître. La nomination de Di Tommasi ne fut pas acceptée par tous les Chevaliers en Europe.

À la suite de cela et d'autres vicissitudes historiques et politiques, le vieux tronc de l'Ordre fut divisé en plusieurs branches, parmi lesquelles, la branche patronnée et contrôlée par le Vatican, connue sous le nom SMOM.

La Réforme Protestante causa la séparation des Chevaliers des États du Nord. En Allemagne, le bailliage de Brandebourg, établie en 1318, se détacha de l'Ordre au cours de la Réforme, et après avoir été sous le protectorat des Princes Electeurs de Brandebourg, en 1810, tout son patrimoine fut confisqué par le Roi de Prusse, Friedrich Wilhelm (Frédéric Guillaume) III, et en 1812, fut restauré en tant qu'Ordre civile de Saint-Jean. Sous la protection du Roi de Prusse Friedrich Wilhelm IV, qui, le 15 Octobre 1853, annula le décret de 1812, l'ancien Bailliage de Brandebourg fut rétablie et actuellement connu sous le nom "Johanniter Orden."

En Angleterre, où les Prieurés d'Angleterre, d'Irlande et de Dacia existaient depuis 1445, l'Ordre eut tout son patrimoine confisqué en 1545, après le schisme. En 1831, le Grand Prieuré d'Angleterre de l'Ordre de Saint-Jean fut rétablit, composée de Chevaliers Anglicans, et en 1858, ils ont adopté le nom de l'Ordre Hospitalier de Saint Jean en Angleterre. L'Ordre est ouvert à toutes les confessions Chrétiennes; leurs Protecteurs et Grands Maîtres sont les Rois d'Angleterre.

L'Ordre a cessé ces fonctions militaires qui avaient contribué à sa haute reconnaissance pendant plus de sept siècles et se retourna vers ses origines hospitalières d'assistance et d'aide aux plus démunis de la société. Dans ce nouveau développement à travers l'histoire, l'Ordre a obtenu de nouveaux lauriers, peut-être pas moins glorieux que ceux obtenus avec ses victoires sur les champs de bataille sur le terrain et sur les eaux.

À l'heure actuelle, la Fédération reconnaît et respecte toutes les autres branches historiques de l'Ordre et leur autonomie, et est toujours prêt à se serrer la main en signe d'amitié et de fraternité Chrétienne et souhaite que tous les Chevaliers de Malte, activement présent dans le monde, se considèrent eux-mêmes unis par leur mission commune.

L'Ordre, malgré les guerres, les sièges, les difficultés historiques, les réformes et les transformations, continue de marcher à travers l'histoire, presque sans changement de ses principes de base, maintenant toujours une cohésion idéologique interne, une prééminence politique et sociale, un prestige remarquable, et un travail Humanitaire dévoué sans fin… Son drapeau n'a jamais baissé.

Le Monde change à bien des égards, les hommes disparaissent, les riches et les démunis, les héros et les lâches, les gagnants et les vaincus, les puissants et les faibles, ils disparaissent tous, mais les principes humanitaires transparents et solides des Chevaliers de Malte demeurent, et l'Ordre continue à être bien connu, admiré et respecté dans le Monde aujourd'hui comme il l'était dans le passé.

Les temps changent, mais un symbole et tout ce qu'il représente reste immuable: Croix Octogonale blanche.