Jules de Médicis, Chevalier de l'Ordre et Grand Prieur de Capoue, élu Pape en tant que Clément VII, fit appel à l'empereur Charles I, Roi d'Espagne, qui, le 24 Juillet 1530 à Castelfranco di Emilia, accorda à perpétuité un fief noble et libre des îles de Malte et Tripoli sur la côte africaine, confirmée par Bulle Papale.

 

L'Ordre a été obligé de présenter à perpétuité, chaque année, à la Toussaint, un faucon comme un hommage symbolique au Roi d'Espagne et à ses successeurs. Depuis lors, les Chevaliers de l'Ordre Hiérosolymitain de Saint-Jean-Baptiste étaient connus comme les Chevaliers de Malte et les îles maltaises leur Etat Souverain. 

L'île de Malte, jusque-là presque déserte, devint le bastion de défense de la Chrétienté. Toujours en état de lutte, les agiles navires croisés patrouillaient continuellement la mer et protégeaient les côtes sans défense de la Sicile et de l'Italie, remplacent la déficience militaire et les actions lentes de la flotte royale. Pendant ce temps, les Turcs, après l'occupation de Buda, menaçaient Vienne par leur proximité.

En 1534, le Grand Maître Philippe de Villiers meurt à l'Ile Adam. Tout le monde pleura la mort de ce chef dévoué et valeureux. Soliman le Magnifique lui-même, a ordonné de lire dans toutes les mosquées un récit mémorial sur les grandes réalisations de son vieil adversaire. Néanmoins, il décida d'anéantir l'Ordre et, à l'été 1551, établit un siège devant Malte. Les Turcs naviguaient en vain autour de l'île sans oser attaquer, parce que les Chevaliers avaient construit une flotte puissante qui était la sentinelle, non seulement sur Malte, mais aussi sur l'ensemble de la mer Méditerranée.

À compter du 18 mai 1565, les Chevaliers, commandés par leur Grand Maître, Jean Parisot de La Valette, subir ce que les historiens ont appelés le Grand Siège. Une flotte de 200 navires avec 50.000 musulmans ont lancé une attaque au nom d'Allah. Pendant près de quatre mois, les Chevaliers, avec seulement 9.000 soldats, résistèrent et tuèrent plus de 20.000 ennemis. La Vallette, en dépit de son âge de soixante-dix ans, était en première ligne. Lorsque Soliman II fut informé que des renforts arrivaient, envoyés aux Chevaliers par Philippe II, Roi d'Espagne, et commandés par Don Garcia de Tolède, vice-Roi de Sicile, il mourut à l'âge de 72 ans, en raison d'un accès de colère. Le 7 Septembre 1565, les Ottomans ont levé le siège. La défaite de Rhodes était vengée. Les Turks perdirent leur pouvoir naval sur la mer Méditerranée, et pendant deux siècles, Malte resta inviolable. Cette victoire a eu un écho important en Europe, et la flotte de l'Ordre est devenue l'une des plus puissantes dans la mer Méditerranée.

En collaboration avec l'armada du Roi d'Espagne, l'Ordre a participé à trois aventures glorieuses: en 1541, la conquête d'Alger; en 1551, la prise de Zoara; et en 1559-60 l'expédition de Tripoli et la conquête de l'île de Djerba.

Le 24 mai 1571, par le Pape Pie V fut constituée la Sainte Ligue, avec la participation de l'Espagne et de Venise. A la flotte, commandée par don Juan d'Autriche, fils de l'empereur Charles Ier, le Roi d'Espagne adjoint quelques galions de l'Ordre. Le 16 Septembre de la même année, la flotte de la Sainte Ligue met les voiles.

Le 7 Octobre, la bataille de Lépante commença. Les Chevaliers occupèrent une place primordiale dans la bataille, et contribuèrent principalement à obtenir cette victoire retentissante. Presque tous les survivants étaient blessés et 60 Chevaliers morts. Ils capturèrent 160 galères, mis le feu à 80 et envoyèrent au fond de la mer plus de 30.000 ennemis.

Le crépuscule du Croissant de lune commença après la bataille de Lépante, avec le déclin de sa force navale.

Mais les engagements militaires ne supplanteront pas la vocation hospitalière des Chevaliers. L'Hôpital de Malte était unique dans le monde: sols en marbre, tapisseries sur les murs, argenterie de table, et les lits avaient des draps de lin fin, un luxe qui n'existait pas en tout autre lieu à cette époque. Les écoles d'anatomie, la médecine et la chirurgie furent établies à Malte. Avec l'aide du Pape et des Rois de France, d'Espagne et du Portugal, les Chevaliers construisirent des palais, des églises et la superbe cathédrale de Saint-Jean des Français. Le Palais du Grand Maître, a encore aujourd'hui une extraordinaire galerie d'armures et dix magnifiques tapisseries des Gobelins sur le thème "Les Grandes Indes Orientales" offert généreusement par Louis XIV.

La Révolution française a éclaté au-travers de l'Europe comme une tempête. Le patrimoine Hospitaliers en France fut confisqué en 1792 et par la suite en Italie. Les Ordres de Chevalerie ont été opprimé par la Révolution.

Le 7 Juin 1798, les premières frégates de l'expédition d'Égypte de l'armada française arrivèrent devant Malte. Le 9 Juin, le général Napoléon Bonaparte est arrivé avec le gros de l'armada. Dans la matinée du 12, Napoléon débarque et entra à pied dans la ville de La Valette.

En raison de la grande erreur stratégique du faible et hésitant Grand Maître d'alors, l'Allemand Ferdinand von Hompesch zu Bolheim, Napoléon saisit l'héritage de gloire et de sang des Chevaliers sans même combattre, en échange d'une promesse jamais gardé: l'accueil des Chevaliers en France conformément à leur rang.

Malte, qui avait résisté aux Turcs et aux pirates pour des siècles, a ouvert ses portes à l'ennemi. Les soldats de Napoléon, dignes fils de la Révolution, pillèrent et volèrent continuellement tout ce qu'ils purent.

Le 19 Juin Napoléon parti pour l'Egypte avec l'armada française, laissant 1000 hommes sous le commandement du général Claude Vaubois pour défendre l'île.

Les Maltais, aidé par les troupes Britanniques, se battirent contre les forces françaises, qui capitulèrent et abandonnèrent l'île. Le drapeau britannique flotta au-dessus de l'île le 5 Septembre 1800.

La perte de Malte aurait pu signifier la fin de l'Ordre. Mais l'Ordre, comme le Phoenix mythique, renaît de ses propres cendres, n'a pas et ne mourra jamais.

Ironiquement, alors que les propriétés de l'Ordre furent ouvertement pillées par tout le monde, en toute impunité, et son territoire envahi, les six grandes puissances Européennes avaient signé le traité d'Amiens, le 27 Mars 1802. Ce traité de paix internationale reconnue et qui prévoyait le rétablissement indépendant, la protection, la perpétuation et la souveraineté de l'Ordre de Saint-Jean de Jérusalem.

Cette souveraineté, acquise à Rhodes en 1308 et reconnue par le Traité d'Amiens, n'a jamais cessé d'exister avec ou sans territoire. C'est un principe de Droit International que le droit une fois acquis ne nécessite pas l'existence continue de la puissance par laquelle il a été acquis pour sa préservation. Si un traité, ou toute autre loi, a été établi en reconnaissance d'un droit, l'expiration du traité ou de la loi ne peut pas éteindre ce droit.